יהדות
הרב זצ"ל היה בנו השני של מרן זצ"ל והראשון בבניו. למד בישיבת פורת יוסף ובישיבת קול תורה. נישא לנצחיה, בת הדיין הרב עמרם אזולאי, בטקס חופה וקידושין שסידר הרב יוסף שלום אלישיב. לאחר נישואיו למד בכולל קול יעקב ובמוסד הרב קוק בירושלים, שם הוסמך לרבנות. החל משנת 1968 החל לשאת בקביעות דרשות שבועיות בשכונות שונות בירושלים.
חכם יעקב יוסף זצוק"ל ייסד ועמד בראשות ישיבת "חזון יעקב", הקרויה על שם סבו חכם יעקב עובדיה זצ"ל. היה רב השכונות גבעת משה ותל ארזה בירושלים, והתגורר בשכונת שמואל הנביא בעיר. היה חבר בגוף הכשרות "בד"ץ ישא ברכה" ודיין בבית הדין של קהילת היראים בראשות הרב שווארץ.
לאחר שמרן הגר"ע יוסף זצוק"ל נתמנה כרב הראשי בתל אביב, העביר אליו את הנהגת בתי הכנסת בשכונת הבוכרים ואת מסירת שיעורי התורה שם. הוא הקים בבית הכנסת "בורכוב" את ישיבת "חזון יעקב", על שם סבו יעקב עובדיה.
במשך שנים קבע את תפילתו בקבר שמעון הצדיק בירושלים. היה רב המקום וכובד בהדלקה המרכזית שם בליל ל"ג בעומר.
בשנותיו האחרונות התגלה בגופו גידול ממאיר בלבלב רחמ"ל, הגאון המקובל רבי בניהו שמואלי שליט"א הוסיף לו את השם "חי" כסגולה. בתקופת חוליו ביקר אצל אביו מרן זצוק"ל שהתבטא על גדולתו בתורה וקרא להתפלל לרפואתו.
הרב יעקב יוסף נפטר חצי שנה לפני פטירת אביו, ביום שישי ב' באייר ה'תשע"ג (12 באפריל (2013) ונקבר בהר המנוחות בירושלים. על מצבתו נכתב על פי צוואתו: "פ"נ עבדך בן אמתך יעקב בן מרגלית יוסף", בלבד.
ת.נ.צ.ב.ה